杰、平安军于滹沱河，斩首6万余人。乘胜连克真定、顺德(今河北邢台)、广平(今河北永年)、大名等地。
朱允炆为缓兵之计，下诏赦燕王罪，企图使其懈怠;同时发兵断其粮道，以迫其北归，伺机歼灭。朱棣识破此计，于六月中旬，遣都指挥使李远率轻骑6000人南下，连克济宁、沛县等地，焚盛军粮船数百艘、粮数百万石，京师(今南京)大震。
七月，盛庸乘燕师南下，令平安率万骑攻北平;大同守将房昭回攻保定。朱棣闻讯，率军回援，大败其军，还师北平。
四年正月，朱棣督军南下，绕过济南，连下东阿、东平、汶上、兖州、邹县、沛县、宿州，直抵蒙城、涡河(今安徽境内)。
三月初九日，于淝河设伏，击败尾随而来的盛军4万余人。
四月，燕师屯小河(即今安徽境内之濉河)。南将都督何福率军北援，与平安会合，军势甚盛，两军战于齐眉山(今安徽灵璧境内)，燕师损失惨重，军心动摇。
朱允炆在此关键时刻，召徐辉祖所部还京，前线力量锐减，何福被迫退守灵璧。燕师迅速切断其粮道，乘机进击，大败何福、平安所部，俘其10万人，攻克灵璧。
至此，朱允炆在淮河以北的主力已基本丧失。
五月初，燕师乘胜南进，一举突破盛庸淮河防线，连克盱眙、扬州、高邮、泰州、仪真(今江苏仪征)等地。
六月初三日，燕师自瓜洲再破盛庸、徐辉祖长江防线，连克镇江、龙潭。
朱允炆闻讯，急忙许以割地求和。朱棣不允。十三日，燕师进抵南京金川门，守将李景隆和谷王朱穗开门迎降，朱允炆于宫中自焚死，一说出走为僧，朱棣即皇帝位，改元“永乐“。”
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